Sul "tavolìre", una superficie piana di legno, precedentemente spolverato di farina, l'esecutrice prepara la cosiddetta "fontanella" o "fontanina" con la farina di grano tenero: al centro versa poco olio e poco sale e dispone i panetti di lievito. Quindi, incomincia a impastare, a "trembà la masse", con movimenti circolari e forti pressioni, non solo con la mano aperta ma anche con le nocche della mano chiusa a pugno. Durante l'operazione di impasto aggiunge dell'acqua tiepida, a poco a poco e a discrezione personale, per ottenere la giusta consistenza. A questo punto, dopo aver dato all'impasto una forma sferica e averlo spolverato di farina, vi incide una grande croce con il coltello e compie il segno della croce, seguendo le linee impresse sulla massa e baciando in ultimo la mano benedicente. Avvolge la massa tra due canovacci, anch'essi spolverati di farina, e chiude il tutto in un grande pentolone, in modo che resti al buio, al caldo e protetto dalle correnti d'aria. Lascia riposare la massa per almeno due ore e, nel frattempo, prepara un soffritto di cipolla con olio d'oliva al quale aggiunge uno dopo l'altro: pomodori pelati, pepe, olive tagliate a piccoli pezzi, pecorino grattugiato e "recotte asckuande", ricotta forte. Unge una teglia larga e bassa e vi dispone un disco di massa poco più grande della teglia stessa, sparge sul disco poca "recotte asckuande" e versa, dopo averlo lasciato raffreddare, il soffritto di cipolla nella teglia. Aggiunge, a crudo, olive, pancetta e pecorino grattugiato e copre il tutto con un altro disco di massa, anch'esso poco più grande della teglia. Infine, arrotola le parti esterne della massa in modo da creare "u' bburde", il bordo del calzone, un cordone che lo tiene chiuso e impedisce che il ripieno fuoriesca. Prima di infornare, spennella con tuorlo d'uovo, decora con pezzi di oliva e "punge", punzecchia la superficie con una forchetta.

Per la lavorazione della massa è opinione diffusa che sia preferibile avere mani calde e polsi robusti. Alcune donne baresi che preparano in casa il calzone conservano le antiche abitudini di imprimere una croce (di benedizione) sulla massa e di lasciarla riposare tra le lenzuola del letto. C’è da osservare che gli ingredienti del ripieno del calzone di cipolla variano non solo da città a città della Puglia, ma anche tra famiglia e famiglia nella stessa città di Bari. Rispetto alla ricetta descritta tra le aggiunte più frequenti si riscontrano le acciughe e l’uva passa.